纵观喀纳斯全区山川,地势自东北向西南倾斜。境内 山峦起伏,冰峰雪岭连绵,沟壑纵横,地形复杂。海拨高1300-4374米。最高峰是位于本区东北部的友谊峰。
喀纳斯河是本区内主要河流,自东北向西南贯穿全区,是下游布尔津河的最大支流,布尔津河是我国唯一的北冰洋水系河流额尔齐斯河的最大支流。
由第四纪冰川强烈刨蚀、高山河流扩展而成的阿克库勒湖和喀纳斯湖,成串珠状镶嵌在喀纳斯自然保护区的中心地带。它们均属高山淡水湖泊。四周群山环抱,森林密布,草场繁茂,自然景观独特优美。
喀纳斯湖湖长约24公里,平均宽约1.9公里,面积45.73公。 呈弯月形,海拨1374米,平均水深约90米。
喀纳斯河,水质优良,水能蕴藏极其丰富。
阿克库勒湖,意为白湖,位于喀纳斯湖东北部的友谊峰下,从喀纳斯湖头至白湖约38公里,从禾木乡去白湖约60公里,道路艰险,鲜有人至。湖面海拨1954米,面积约9.5平方公里,由冰川作用而成。
山岭现代冰川雄伟壮丽,山腰、山脚地带原始的西伯利亚泰加林一片碧绿,草场如茵。 群峰连绵,重峰叠秀,草甸百花争妍。